尼安德特人3萬年前滅絕，但因為和我們的智人祖先有過混血，所以在我們身體中留下了一些DNA片段：歐洲人約有2%，亞洲人更多一些，可到4%，而古代人更多，約有6%，這意味著尼安德特人的基因正在逐漸消失。
但有一個現象卻令科學家們百思不得其解，那就是現代人類沒有攜帶尼安德特人的任何Y染色體基因，完全不可思議。
Y染色體決定男性性別，由SRY基因啟動，幫助胚胎發育成男性，如果一條染色體的攜帶者沒有兒子，這條染色體就會消失，那麽尼安德特人的Y染色體究竟是如何消失的呢？目前認為有幾種可能：
一是偶然遺失。可能是由於幾千代人的傳承，尼安德特人的Y染色體恰好沒有被保留下來。
二是交配模式。可能只有尼安德特人女性與現代人類男性交配，所以沒有Y染色體的傳遞，這是不是意味著尼安德特人真的是被我們的智人祖先滅絕的呢？男性被殺死，女性被俘虜。
三是功能劣勢。尼安德特人的Y染色體可能在功能上不如現代人類的Y染色體，因而逐漸消失了。
四是雜交不相容。根據"霍爾丹法則"，不同物種雜交時，異性染色體性別往往不育或不健康，就像馬驢、獅子老虎雜交一樣，尼安德特人的Y染色體可能與現代人類的其他基因不相容。
五是有害突變積累。由於尼安德特人群體較小，有害突變可能在Y染色體上累積，最終導致其滅絕。
六是尼安德特人的Y染色體可能遺失了SRY基因，正在演化新的性別決定機制。人類的Y染色體總體上也在退化，最終會像尼安德特人一樣走向消失嗎？
最有可能的原因是第四種，即基於"霍爾丹法則"的雜交不相容性，尼安德特人的Y染色體與現代人類的其他基因不相容，導致雜交後代的男性不育或不健康，因此沒有被保留下來。
這意味著尼安德特人和智人之間，可能正是因為Y染色體造成了生殖障礙，讓尼安德特人和人類成為了不同的物種。
參考：
The Conversation：Modern Human DNA Contains bits from all over the Neanderthal genome – except the Y chromosome. What happened?
