菜鳥驛站雖然在理論上可以帶來一定的收入，但實際營運中卻面臨著諸多挑戰。首先，工作強度大、時間長，且全年無休，這對經營者來說是極大的身心壓力。其次，利潤率相對較低，盡管每天處理的快遞數量龐大，但由於每件快遞的分成微薄，需要大量快遞量才能維持盈利。再者，房租、水電等固定成本以及可能存在的快遞費用結算滯後問題，都進一步壓縮了驛站的實際利潤空間。
而且每個快件的收件利潤只有0.5元，寄件利潤為1.5元至3元，一天如果是700個快遞，寄出30個，每天收入大約是730塊錢，然後除去每個月水電費房租成本大概一天收入也就是一百左右，而且快遞費用結算不及時，這個月拖到下個月，下個月拖到明年屢見不鮮，導致越來越沒有幹勁。
然而，仍然有很多人選擇經營菜鳥驛站或堅持下去，原因可能是多方面的：一方面，部份驛站可能透過提供增值服務（如包裝服務、寄存服務等）或者發展社區團購等多元化業務來增加收入；另一方面，驛站作為社區服務的重要組成部份，具有穩定的市場需求和客戶群體，對於一些願意長期耕耘並建立良好口碑的經營者來說，依然存在發展空間。
此外，隨著電商行業的持續發展，快遞業務總量逐年增長，驛站作為末端物流的重要節點，其價值和重要性不言而喻。因此，即使面臨短期的困難與挑戰，不少經營者仍會基於長遠考慮選擇堅守陣地，並努力尋求改善經營狀況的方法。
