西藏墨脫縣被喜馬拉雅山，岡底斯山和，橫斷山脈所圍繞，具有獨特的地形、氣候、植被等自然地理特征。
墨脫自然保育區最為典型，位於西藏林芝市墨脫縣境內的米什米山脈北部，主要保護物件為山地森林垂直景觀及珍稀動植物。
墨脫，藏語是「花」的意思。墨脫自然保育區有以下幾個特征：
一、面積較大，同時是世界熱帶森林分布最北的保護區。
墨脫自然保育區面積為62620公頃，即626.2k㎡。位於北緯29度°26—29°39'，東經 95°05'-95°27'，在墨脫縣中部，南迦巴瓦峰東坡，為綜合性保護區。是中國、也是世界熱帶森林分布最北的一塊寶地，保存了完整的山地熱帶生態系及大量的生物種源。
二、稀有動植物極為豐富，堪稱「天然博物館」。
由於保護區在40km的水平距離內，囊括了熱帶至寒帶的各種植被類別和森林景觀，具有特殊而重要的保護價值，也是開展生態學、植物學、氣候學、林學研究的優良場所。
保護區內有高等植物3000余種，被列為國家重點保護的17種。該區地形奇異，山深林密，氣候復雜，食源豐富，為多種野生動物棲息繁衍的樂園。被列為國家保護的珍禽異獸40多種。
三、地形破碎，嶺谷相間，相對高差 6000m 以上，為典型的高山峽谷區。
墨脫地處雅魯藏布江大拐彎的峽谷之中，自然保育區在米什米山脈北部，江水切穿高聳的喜馬拉雅山及其支脈，向南流去。
保護區海拔高度變化大，從750米延伸到海拔7000余米。保護區內河流深切，形成巨大的v型谷；峽谷深邃，山高入雲，一些大山與地面七八十度的交角，有些則近乎垂直。瀑布眾多，景色優美。
四、峽谷熱水條件差異極大，呈現熱帶至寒帶的各種氣候類別和完整的垂直帶譜。具體如下：
800-1100m為低山熱帶雨林，林中富含珍貴的用材樹種和豐富的特產品——澱粉、油脂、纖維以及特種經濟林木，如砂仁、藏藥「哥魯布」、五眼果、三台花等珍貴藥材。
1100-2400m為山地亞熱常綠闊葉林，有楠木、樟木、紅椿、穗花杉、百日青、海南粗榧等珍貴用材樹種和多種油脂、藥用植物等。
2400-3800m為山地溫帶針闊混交林和亞高山寒溫帶暗針葉林，樹種組成單純，優勢種明顯。林下盛產天麻、人參、三七、七葉一枝花、當歸等藥材。
3800m以上為高山灌叢草甸和高山荒漠帶。
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