魚缸過濾系統擔負著水族箱中水質的清潔及穩定的生態環境，它既能起到物理過濾，亦有生物過濾的功能，也能添加化學材料，起到化學過濾。但過濾系統是否能發揮它的效能這需要從多個方面進行分析及配置。
一、分析過濾系統的承載能力
1、水體長時間渾白，缸內細微漂浮物過多，此種現象通常為硝化系統不穩定，問題的關鍵在於生化過濾的容積太小，硝化細菌無法有效的將氨氮、亞硝酸鹽轉換為對魚兒無害的硝酸鹽；
水質渾白
2、缸體水質既黃又渾濁，還有一定的漂浮物，此種情況表現為物理過濾過於弱小，未能有效地攔截水中雜質；
水質黃渾
3、魚缸內有大量的飼料殘渣、魚兒排泄物、其它漂浮物等，那問題的關鍵應是水泵功率太低、每小時水流量未能滿足水體的有效迴圈。
二、如何配置過濾系統
1、生化過濾：容積應為水體的20%以上，也即是五分之一左右，容積宜大不宜小；
2、物理過濾：單層有效面積宜為0.03平方米以上，兩層以上較佳；
3、水體迴圈：選擇合適的水泵功率，保持魚缸水體每小時10次的水迴圈。
上文分析了過濾系統的承載能力及過濾系統如何配置，過濾系統共有三個子系統，任意子系統均需合理搭配，這樣才能發揮整個過濾系統的能效，從而實作魚缸水體及生態的穩定。
