東北湖區的湖泊，魚類區系比較復雜，呈現出南北交替的特色。
既有印度平原復合體的黃鱧魚和烏鱧魚、又有中國平原復合體的鯉、鯽、鲉、鯿、草及鰱魚等魚類；既有北方復合體的哲羅魚和細鱗魚，還有北極淡水復合體的紅點鮭及江鱈魚等等。
其中興凱青梢紅鮐，是中國「四大名魚」之一，鏡泊湖所產的銀鯽，個體大，素有「湖鯽」之稱而名聞全國。
根據二十世紀70年代資料的統計，五大連池魚類畝產在15kg左右，鏡泊湖畝產近6.5kg,小興凱湖為1.3kg。
東北擁有黑龍江、遼河、松花江、嫩江和烏蘇裏江等七大河流，這些大河流域的湖泊，是天然的淡水魚類之鄉，這些湖泊自然環境極其優越，水質純凈，魚類生長的條件有利，因此每年都有豐富的水產品出產，是東北人吃魚的首選之地。
此外，東北還有諸如查幹湖等眾多自然湖泊，湖中有各種珍貴的淡水魚，其中最具代表性的品種是胖頭魚。查幹湖冬捕胖頭魚已成為了東北的一大特色，
