女娲作为仙剑系列中的世初三皇之一，在盘古逝世后被封为神，因天地生灵稀少，三皇决定以不同方式创造生命。女娲负责创造人类，因此被誉为人界的创造者，是人类的始祖。
在世初三皇中，伏羲负责创立神族，神农则创造了尚未开智的兽族。神族居住在天界，而人族和兽族则居于地界，鬼界则作为他们的轮回之所。这样的格局持续了数千年。
随时间推移，人族和兽族因过度繁殖而逐渐强大，频繁发生冲突。兽族中出现了一个强大的统治者蚩尤，他的兽军多次打败人族。最终，人族在神族的支持下，由神将轩辕氏带领，击退了蚩尤。
败退的蚩尤在逃离时开启了通往九幽异世界的门户，将兽族余部带入其中。这些兽族在九幽中修炼成魔，形成了魔界。这个通道被称为神魔之井，由双方严密守卫。
在此后的岁月中，伏羲在神界中建立了等级制度，并被尊为天帝，同时规定神族地位高于人族，人族需侍奉神族。这场战争后，兽族几乎灭绝。
经过万年，神族的统治开始腐败，人族对神族的不满逐渐积累，最终爆发了一场神人大战。天帝伏羲命令女娲消灭人类并重新创造，以侍奉神族。
女娲拒绝了伏羲的命令，选择站在人族一边。伏羲怒而撤销了女娲的神籍，剥夺她的人皇称号，并派遣神将毁灭人间。女娲通过补天抵御洪水，拯救了剩余的人类。
不明原因促使天帝伏羲命令神族撤军，并开始反思自己的过错，封闭了神界之门，限制神族随意进入人间，从此神人分离。女娲最终力竭而亡，留下后代继续保护人类。
一些残存的兽族觉醒了神农之力，修炼成妖族；同时，一些人类觉醒了女娲之力，修炼成仙。仙族居住于人间的三十六洞天和七十二福地，称之为仙界；妖族则隐居于更隐秘的地方，最著名的是里蜀山的妖界。
在女娲被剥夺神籍后，轩辕氏被立为新的人皇。随着时间的推移，中原人民逐渐转向轩辕信仰，只有苗疆人民仍旧忠于女娲，被视为异端。
女娲的后人因人间浊气化作蛇身，被天界诬蔑为妖魔，从仙剑一的锁妖塔中镇狱明王的话可见一斑。
女娲的后代始终守护在苗疆，不仅是保护南诏国，他们一直致力于保护所有苍生，并愿为此牺牲。
在仙剑三中，紫萱为了修复锁妖塔而献身；仙剑一中，紫萱的女儿林青儿和孙女赵灵儿同样为了封印水魔兽而牺牲。
拜月教主召唤水魔兽的目的是统治天下，而林青儿与赵灵儿的努力是为了阻止灾难发生。
徐长卿曾尝试重振女娲信仰，未果后将掌门之位让给了常浩，其对妖族及女娲一族持偏见态度，这种偏见也影响了独孤剑圣，最终导致赵灵儿被囚于锁妖塔，酿成悲剧。
