女媧作為仙劍系列中的世初三皇之一，在盤古逝世後被封為神，因天地生靈稀少，三皇決定以不同方式創造生命。女媧負責創造人類，因此被譽為人界的創造者，是人類的始祖。
在世初三皇中，伏羲負責創立神族，神農則創造了尚未開智的獸族。神族居住在天界，而人族和獸族則居於地界，鬼界則作為他們的輪回之所。這樣的格局持續了數千年。
隨時間推移，人族和獸族因過度繁殖而逐漸強大，頻繁發生沖突。獸族中出現了一個強大的統治者蚩尤，他的獸軍多次打敗人族。最終，人族在神族的支持下，由神將軒轅氏帶領，擊退了蚩尤。
敗退的蚩尤在逃離時開啟了通往九幽異世界的門戶，將獸族余部帶入其中。這些獸族在九幽中修煉成魔，形成了魔界。這個通道被稱為神魔之井，由雙方嚴密守衛。
在此後的歲月中，伏羲在神界中建立了等級制度，並被尊為天帝，同時規定神族地位高於人族，人族需侍奉神族。這場戰爭後，獸族幾乎滅絕。
經過萬年，神族的統治開始腐敗，人族對神族的不滿逐漸積累，最終爆發了一場神人大戰。天帝伏羲命令女媧消滅人類並重新創造，以侍奉神族。
女媧拒絕了伏羲的命令，選擇站在人族一邊。伏羲怒而撤銷了女媧的神籍，剝奪她的人皇稱號，並派遣神將淪陷人間。女媧透過補天抵禦洪水，拯救了剩余的人類。
不明原因促使天帝伏羲命令神族撤軍，並開始反思自己的過錯，封閉了神界之門，限制神族隨意進入人間，從此神人分離。女媧最終力竭而亡，留下後代繼續保護人類。
一些殘存的獸族覺醒了神農之力，修煉成妖族；同時，一些人類覺醒了女媧之力，修煉成仙。仙族居住於人間的三十六洞天和七十二福地，稱之為仙界；妖族則隱居於更隱秘的地方，最著名的是裏蜀山的妖界。
在女媧被剝奪神籍後，軒轅氏被立為新的人皇。隨著時間的推移，中原人民逐漸轉向軒轅信仰，只有苗疆人民仍舊忠於女媧，被視為異端。
女媧的後人因人間濁氣化作蛇身，被天界誣蔑為妖魔，從仙劍一的鎖妖塔中鎮獄明王的話可見一斑。
女媧的後代始終守護在苗疆，不僅是保護南詔國，他們一直致力於保護所有蒼生，並願為此犧牲。
在仙劍三中，紫萱為了修復鎖妖塔而獻身；仙劍一中，紫萱的女兒林青兒和孫女趙靈兒同樣為了封印水魔獸而犧牲。
拜月教主召喚水魔獸的目的是統治天下，而林青兒與趙靈兒的努力是為了阻止災難發生。
徐長卿曾嘗試重振女媧信仰，未果後將掌門之位讓給了常浩，其對妖族及女媧一族持偏見態度，這種偏見也影響了獨孤劍聖，最終導致趙靈兒被囚於鎖妖塔，釀成悲劇。
