準備好了嗎？這是一起足以讓名偵探柯南拆成了四集的超大案件，時隔二十年的復仇，一艘遊輪上的狼人殺，反轉反轉再反轉，接下來，我們就跟隨柯南的腳步走進這場神秘案件。
- 神秘的遊輪旅行
故事的開頭，深夜，四個蒙著面的男人在爭吵，伴隨著幾聲槍響，一個男人掉下了山崖，剩下的人揚長而去，走前還不忘丟下他們搶劫得來的紙幣。
另一面，偵探社的小蘭抱著一張報紙大喊大叫，她看到了一則新聞，只要拿著謎面「昭和時代大部份日本人都會保有」的一件東西，就可以免費參加一場海豚遊輪旅行。
小蘭和偵探毛利猜了一個遍，甚至把空手道精神都拿了出來，但最後還是不如柯南慧眼如炬。
他說到，昭和時代大部份日本人都會保有的一件東西就是昭和時代的舊紙幣。
巧了，小蘭恰好就有收藏紙幣的習慣，鏡頭一轉，偵探帶著小蘭還有柯南就前往了遊輪登記的地方。
小蘭得知組織這場遊輪活動（慈善活動）的人名叫古川大，走到服務員那裏想要見一見這位大善人，但卻得知這個古川大壓根就沒有露面。
但是小蘭卻遇到了了一個帶著印有「古川大」印章的胖胖，就預設他就是那個大善人了。
遊輪服務台處，這場「狼人殺」的成員陸續上場，分別是毛利曾經的上司鮫琦島治，神秘的古川印章龜田照吉，還有靠著一把鑰匙和龜田成為好朋友的蟹江是久，還有一個拖著皮箱姍姍來遲的眼鏡男海老名念，以及一位在服務員口中神秘的偵探。
以及最後一位神秘人，第一個帶著黑帽子上船又下船又回來的黑衣人。
毛利一家3人，2個神秘人，還有2個好朋友，以及和毛利待在一起的鮫琦隊長，在遊輪出發前，一共出現了8個人。
上船後，美女磯貝渚和大叔鯨井定雄也陸續登場，一場狼人殺就此揭開序幕。
很快，晚餐到了，兩位神秘人遲遲沒有登場，便有人向服務員詢問那兩位神秘人到底是何許人也。
服務員邊擦杯子邊回答，一名是偵探，另一名叫做「葉才三」。
彼時的服務員還不知道，葉才三這個名字對於在場的人來說意味著什麽，話音剛落，鮫琦還有毛利兩個人就跑到了「葉才三」的房間尋找這個人的身影。
但這一切對於龜田照吉來說好像沒有那麽重要，只見他一個人悠哉悠哉地回到了自己的房間，在門縫下撿到了一張信封，開啟讀了讀，臉上便露出了神秘的笑容。
接下來，他就悠哉悠哉的走到了甲板底下去送死了，只見一把黑槍抵住了龜田照吉的頭，啊哦，龜田成為下線第一人，但別著急，他還有用處。
出發尋找葉才三的毛利和柯南等人發現了另一名偵探，服部平次，他也帶來了關於葉才三的訊息。
幾個人在甲板外感嘆著當年的種種，神秘搶劫黑影計劃師在二十年前搶劫四億之後消失的無影無蹤。
黑影計劃師手下一共四人，他們只圖財從不害命，但是那場意外中卻不幸殺死了一個女銀行職員，之後據說，黑影計劃師因內部矛盾被團隊成員滅口，就此生死不明。
但是鮫琦隊長卻說那只不過是葉才三的偽裝而已，平次也贊同他的觀點，而葉才三之所以偽裝就是因為他們要等到二十年民事追訴期一過，四億塊錢就可以光明正大地消費，再也沒有人會要求他們償還了。
龜田的下線沒有人在乎，他們都在甲板上感嘆，之後還進門玩起了撲克牌。
牌間，發生了不少事情，註意哦，線索來了。
- 案發
首先是平次說自己之所以會上遊輪的原因，是他收到了一封信，署名正是古川大，讓他來調查一起案子，還塞了十萬元錢，而平次被氣炸了，即便不是為了查案，是為了歸還那十萬塊錢他也要走這一遭，畢竟那錢給一個為愛發電的偵探，簡直是極大的侮辱。
眼鏡男海老名一直盯著自己的鐘表，時刻關註著時間線索，美女磯貝渚竟破天荒地問了一句，「明天該不會是你女朋友的忌日吧」。
完了，海老名被戳中心事了，接著展示了一波熟練到不行的數錢手法，之後不是偵探正義一方的那幾個都找借口離開了船艙。
時針滴答，十二點過去了，距離那起搶劫案的二十年大限已過，二十年前，死掉的那名銀行職員正是組長鮫琦的親生女兒，這下，無論是刑事責任還是民事責任，都追究不了責任了。
鮫琦組長暗自神傷，毛利偵探準備陪他一醉方休，卻被外面的一聲槍響打破了計劃，幾人跑到了甲板上，看到了一封恐嚇信，上面疑似是以死去葉才三的名義寫的，巴拉巴拉說了一對詩文，意思就一個，「我復活了」。
下一秒，鯨井黑著個臉邊走邊說，「那家夥果然還沒死」，再下一秒，船尾一個箱子突然爆炸了，一具帶著手表被燒焦的屍體藏在箱子裏，手表是蟹江的，兩位偵探平次和柯南都發現了這具屍體的疑點一是身體的姿態十分奇怪，而是戴在蟹江手上的手表十分松垮。
雖然都能找到理由解釋這個現象，但未免太過牽強了。
有人死亡，美女磯貝渚總算發揮了自己的聰明才智，他想起了從一開始就消失很久的龜田照吉。
要開始破案了哦，柯南和平次兵分兩路，最後順利發現了龜田照吉遇害的跡象，結合那具燒焦的屍體，他們一直推斷兇手在偽裝自己的真實身份，但他們兩個人關於兇手到底是誰的推斷卻有了爭執，想要一爭高下的柯南和平次決定分頭行動。
可是平次沒有主角光環，他不過就是拿了個手電筒到甲板上尋找線索，就被後面的神秘人給襲擊掉進了海裏。
這時候，磯貝渚的真實身份也浮出水面，她就是黑影計劃師葉才三的親生女兒，這時，柯南意識到了不對勁，他打電話給博士，確認了當年搶劫案的真相。
最終做出了自己對船上十人的推理，龜田，蟹江兩個人分別憑借印章和鑰匙相認，他們極有可能是當年的劫匪之一，而被嚇得自爆的鯨井也是其中之一，三名劫匪到齊了。
剩下的，磯貝渚是葉才三的女兒，鮫琦組長是受害者的父親，而疑似銀行櫃員的海老名也絕對和那場搶劫案脫不了關系。
事情越來越有趣了呢。
- 真相
啪啪啪幾聲槍響，眾人前往甲板上檢視，屋內的膽小鬼鯨井徹底爆出身份，他承認了自己就是當年的劫匪之一，約定了二十年之後一起相約，說是聚會回憶往昔，其實就是要分贓。
鯨井緩緩道出柯南早就已經推斷出的真相，柯南開始盯著眼前這個「自爆」人的奇怪之處，他竟然一直捂著自己的左手臂。
又是一聲槍響，鯨井竟然在眾人眼皮子底下中了槍，順著聲音，柯南等人向外看去，看到了一個黑影坐在船頭。
又是一聲槍響，等到眾人跑到船頭的時候，只看到了蟹江的屍體，手裏還拿著熱乎的手槍，額頭上有新鮮的彈孔痕跡。
很明顯，最後的這兩聲槍響就是蟹江造成的。不對，蟹江不是早就死了嘛。
別著急，兇手不是善於偽裝嗎，死去的或許壓根就不是蟹江，還記得那個開局就下線的龜田照吉嗎？他就是那個替死鬼。
這會兒，破案先別看柯南，先讓我們的鮫琦組長說一說他的推測，首先，蟹江利用龜田假死，準備脫離眾人視線實施秘密計劃。
其次，蟹江聽到鯨井自爆氣不過然後開槍射殺了鯨井，之後走投無路開槍自殺。
至於蟹江假死後藏在那裏，就是船頭後面的繩索梯嘍。
案件看似告一段落，受傷的鯨井被包紮好了屍體，其他人還在研究屋內的彈孔痕跡很深，從外面開槍還能達到這樣的深度，蟹江果然是傳言當過僱用兵的人嘍。
柯南可不相信這樣輕而易舉的推斷結果，要知道，他的好搭檔平次可還沒有「死而復生」揭開真相呢。
主角只需略微出手，柯南從服務員口中得知，海老名帶了一個神秘的行李箱之後就排除掉了海老名帶來的能讓一船人被炸死的彈藥。
在甲板上觀察古川太的信件時還被風使者引著他看到了欄桿上掉落的油漆。
接下來，真相只有一個。
海老名之所以要帶炸藥上船，就是在為自己曾經的摯愛，鮫琦組長的女兒，在搶劫案中死去的銀行職員復仇，沒想到，磯貝渚無意間的一句話，還真讓她猜中了。
只有海老名的威脅嘛，柯南微微出手就排除掉了。
兇手到底是誰呢？他可不是鮫琦組長的蟹江，蟹江充其量就是一個替死鬼，小蘭去甲板處找柯南時撿到的網球已經鯨井自爆時一直捂著的左手臂給了柯南答案。
沒錯，真正的兇手就是鯨井，約所有人來遊輪的古川大就是鯨井，那個第一個上船的神秘人葉才三也是鯨井。
一開始，鯨井向服務員詢問沒出現的兩名乘客是誰，成功引服務員說出葉才三的名字，引起慌亂。
之後將龜田照吉越到甲板底下，當做嫁禍給蟹江的假屍體，之後又借助信物已經對上把蟹江約了出去，打暈蟹江。
接下來，就是鯨井自導自演的時刻了，他把煙頭和鞭炮綁在遊輪的欄桿上，適時點燃煙頭引起眾人出船艙。
當船尾的鞭炮聲響起，眾人跑去船尾，鯨井就找到了機會給蟹江來上一槍，然後給自己的手臂補上一槍，把網球放在自己的咯吱窩，再緊緊捂著胳膊，就可以不流血。
然後在眾人面前自爆制造不在場證明，順著煙頭鞭炮的聲響，就可以把事情完美嫁禍給蟹江了而當年的劫匪都死了，拿著信物的鯨井就可以把四億元全部私吞。
因為煙頭鞭炮引發後會自動彈入大海找不到半點痕跡，如果不是柯南發現了欄桿上煙頭鞭炮崩掉的油漆，可能鯨井真的就要將四億塊錢私吞了。
但這只是柯南的推測，還要有一個證人才可以。
鐺鐺鐺鐺，平次脫關衣服駕駛著他的小漁船回來了，掉落海裏的平次靠著脫掉衣服當「翅膀」讓自己浮起來，然後用手電筒引起漁船註意成功脫身。
而掉落海裏的平次就正好看到了兇手的真面目，以及早就失去意識被綁在繩索梯的蟹江。
結語：
案件線索就此閉環，來來來，我們給兇手最後的狡辯機會，鯨井死而無憾，他密謀了二十年代計劃被柯南識破也不遺憾。
