地球環境中常見的微生物的種類族群復雜繁多，從形態特征上來區分，常見的微生物有細菌、真菌、放線菌、原生動物以及病毒、吞噬體。
土壤中主要體現菌體為： 細菌、真菌、放線菌的影響,其中細菌的含量是最為龐大的，其繁殖速度也是最快的，細菌參與了土壤中絕大部份的含氧和厭氧生理生化反應，在這些反應中新軍使有機物質快速分解為無機物，供植物生長以及改善土壤環境，因此細菌在土壤生態系中具有極其重要的作用。
是土壤中第二大類群體，主要包含酵母菌、黴菌等 ，是腐殖酸形成過程中重要微生物，真菌透過對死亡生物物質的降解，如將木質素降解產生腐殖酸，在酸性土壤中或是透氣良好的土壤中真菌產生的有機物的量要比細菌產生的量多。
放線菌是土壤中第三大類微生物，其生長速度較慢，能分泌大量用於降解難以分解化合物的酶，如纖維素酶。另外，放線菌所形成的抗生素可以對細菌和真菌產生也有一定的抑制作用，對土壤內微生物的種類和多度變化有重要意義。
微生物的繁殖速度較快，在土壤中微生物的數量和種類非常的豐富，1kg土壤中可能含5000億個細菌、約100億個放線菌、近10億個真菌、土居原生動物可達5億個。
生物有機肥施入土壤後，其養分可以被植物所吸收，有益微生物會在土壤中大量繁殖，對土壤中的有害微生物起拮抗和抑制作用，對植物的生長和發育起有益作用。土壤中的細菌、放線菌、真菌是土壤中微生物的非常重要的組成成分，土壤微生物的組成與多度，對土壤中營養成分的轉化和吸收以及對土壤微生物生態平衡有很大的影響，土壤微生物群落結構是反應土壤環境質素最為重要的生物學指標。
生物有機肥施入土壤後，土壤中微生物含量以及多樣性都有顯著提高，且隨著生物有機肥的施加量的增加而增長。 有實驗現實，生物有機肥投量對比其細菌、真菌、放線菌含量都得到大量提升，其中放線細菌提升較多；施加普通化肥與不施加任何化肥的土壤的對比其細菌、真菌、放線菌含量，細菌和防線菌都有所下降，而真菌提成較多。生物有機肥為土壤提供了大量的營養物質，為微生物的生存及生長提供有力條件，土壤中會大量繁殖生長微生物從而影響農作物的生長發育。
參考文獻：【1】楊尚霖.施加生物有機肥對土壤微生物多樣性的影響:[D].黑龍江:黑龍江大學，2018.
