在數碼寶貝世界中出現了很多強大的數碼獸，比如可以格式化世界樹的奧米加獸X，被稱為數碼之神的須佐之男獸，可以前進演化到超究極體的阿卡迪獸等，這些無論多強大，都只能是數碼獸，然而數碼世界中卻有一些存在，並非數碼獸，而是數碼世界的最高意誌，現就對出現的這些最高意誌做一個盤點。
一、世界樹
世界樹是數碼世界的主機，是真正的主宰者，立於網絡安全最高位的數碼世界真神，世界樹手下皇家騎士團負責執行世界樹的命令，清除對數碼世界有威脅的存在，但是動畫中世界樹的表現基本上都是攻擊性很強的反派。
世界樹手下的皇家騎士團在執行世界樹命令時出現分歧，經常發生內鬥，也被稱為內鬥團，在劇場版【數碼寶貝：第十三位皇家騎士】中世界樹執行方舟計劃，想要放棄現有的數碼世界，最終被奧米加獸X以一招「全部刪除」，將其擊敗。
在第五部中，世界樹再次出現，想要對引發數碼世界危機的人類進行清除命令，手下的皇家騎士團對這一指令並不認可，接連跳反對抗世界樹，最終與主角們合力將其擊敗。
二、恒常性
恒常性同樣是數碼世界的主機，不過與世界樹不同，恒常性沒有出現過本體，大都透過神婆嘉兒傳達意誌，被選召的孩子便是因為恒常性才出現的，恒常性創造了神聖計劃，同為數碼世界的最高意誌，恒常性比較溫和，也更加理性。
在數碼寶貝tri中，代表世界樹的Alpha獸想要清除緬因貓獸，代表恒常性的傑斯獸前來阻止，於是便出現了四方混戰的名場面。
三、荷馬
皇家騎士團是執行世界樹命令的最強團隊，同樣也有一個組織與皇家騎士團齊名，以奧林匹斯12主神為原型設計的「奧林匹斯十二神族」，十二神族背後的掌控者是「荷馬」系統。
四、NEO
NEO被稱為世界樹的未來形態，是七大魔王巴爾巴獸人為創造出的數碼獸， 它的存在可以說是基於世界樹進行創造的，實力要比世界樹更為恐怖，NEO出場於漫畫【數碼獸次世代】中，在被勝利暴龍獸這位調停者的嘴遁攻擊下，選擇自我消失。
五、帝厲魔
帝厲魔出自第三部作品中，是最終BOSS，它的存在更像是數碼世界的防毒程式，為了排除異己，一度想要將數碼世界淪陷，在與主角團對戰中，也只是被打退化，並未徹底消滅。
這裏初代與二代的數碼獸世界觀是共同的，所以世界樹與恒常性一個是老主機，一個是新主機，二者並存，其他的更像是平行世界中的系統神。
