說明，該系列強調了奈克瑟斯從前傳到TV劇情結束的整理
故事的開端
最初，地球防衛隊後台觀測到M80天蠍座球狀星團發生了超新星爆炸。與此同時，美國情報處沙漠中發現了神秘發光體墜落。趕赴現場的美軍，發現了幾個能量不穩定的生命體，隨之將其捕獲。美軍把這種不知道什麽生命體帶到了科羅拉多州的秘密基地，並將其幽禁在特殊空間內。美國政府試圖與「他們」接觸，卻因語言不通以失敗告終。「他們」在地球環境中無法實體化，只能透過心靈感應進行交流。「他們」用微弱的心靈感應警告人類，有一種「異生獸」可怕怪物即將出現。不久，FBI及CIA將眾多人才秘密地匯集到軍事研究所。這些人才被稱為超能力者。（其實就是來訪者）
美國政府得知這個事件，封鎖了周邊區域，並對小型異生獸代號the one展開了捕殺行動。美軍把the one捕殺後采集了它的細胞。軍中將此次行動進行了徹底的資訊保密，同時美國政府召集了全世界的頂尖科學家，開始進行關於異生獸的調查研究。FBI及CIA秘密召集的超能力者中，發現一位能力出色的日本少年。就這樣這位年僅10歲的少年海本隼人被任命為通訊員，在他的努力下終於成功實作了與來訪者的交流。
和來訪者的出場交涉
據少年轉述，所謂的「他們」是非敵人的智慧生命體，首先表明了自己沒有任何敵意。接著，來訪者還說了一些令人難以置信的事情。來訪者就是引起超新星爆炸的該恒星系居民。從淪陷的母星逃了出來，化為光量子體來到了地球。（爆炸中丟了實體和迪迦柯曼作為光之生命體一樣，來訪者也需要實體媒介才可以實體。）來訪者，提出可以向美軍提供超前科技。但前提是，這些科技不能用於解決人類糾紛，只能用於「對付淪陷世界的異生獸」。來訪者在科羅拉多州研究所與少年的交流中，透露了許多情報。
神秘的銀色巨人
他們的星球位於M80天蠍座，藍色發光體的突然降臨，預示著滅亡危機的到來。那道光與他們星球上的各種生物同化成為異生獸。這些異生獸只懂得捕食，襲擊了大量無辜居民。恐怖開始在蔓延整個星球，一時人心惶惶。隨著恐怖的蔓延，異生獸的數量不斷上升。
就在這顆星球即將滅亡之際，一道紅光從宇宙降臨大地。那道光與這顆星球上的居民同化，成為銀色巨人。面對絡繹不絕的異生獸軍團，人們前仆後繼成為了光之巨人。（也就是說M80.也有類似人類的存在）經歷了無數次激烈戰鬥後，終於擊退了異生獸，他們也因受傷而長眠。
關於銀色巨人，來訪者也不知道其真實身份。傳說這位巨人，是比宇宙更廣闊的存在。在廣闊的宇宙中，存在守護行星未來的超人。他就是傳說中的柯曼。
黑暗紮基誕生的始末！
看似恢復和平的星球。隨著時間的流逝，人們心中對異生獸的恐懼卻沒有消失。為了對抗可能再次出現的異生獸，他們開始了超武器的開發，參考光之巨人的樣子制作出了對付異生獸的最終兵武器。名為烏爾帝諾伊德「紮基」。
果然，異生獸再度出現，紮基擊退了接連不斷的異生獸群。但不久，紮基開始暴走，自我意識覺醒。為了這顆星球的未來，為了打倒不斷增殖前進演化的異生獸，為了防止陷入邪惡的黑暗破壞神紮基的威脅，來訪者最終選擇親手爆破母星。這就是M80天蠍座球狀星團發生超新星爆炸的真相。這件歷史性事件，被光量子領域記錄了下來。現在，他們終於到達地球。來訪者說，即使做出了這麽大的犧牲，還是無法抵禦威脅。他們預言，異生獸會接連出現，然後紮基降臨，最後把地球淪陷。
黑暗紮基和光之巨人受到超新星爆炸的沖擊超越了時空，來到另一個宇宙世界實體化了。另一個宇宙的怪獸們和光的巨人們因此也被卷入到激烈的戰鬥中。也就是奈克瑟斯夢之戰的開端。面對這個預言，政府內部份裂為相信派與懷疑派，兩派展開了激烈的爭論。相信派，為了防止異生獸淪陷地球，成立了專門的研究組織，並與聯合國展開合作，秘密組建了地球解放機構TLT。另外，為了創造出更加完美的預知者，某個實驗開始了。這個實驗就是，利用優秀超能力者的遺傳基因，複制更加優秀孩子也就是普羅米修斯·專案。TLT根據頂尖科學家們進行的異生獸調查研究，明確了異生獸的真實身份。研究結果與來訪者帶來的資訊一致，異生獸是作為基因飛來的異生獸因子，可以依附地球上的生命進行實體化。最可怕的是，異生獸不屬於任何生態系，只為捕食和驅逐其他生命而存在。正如字面那樣，它就是『異生獸』。
失去實體後的紮基布局
為了防止地球生物被異生獸因子侵害，解讀異生獸因子的工作迫在眉睫。西條波博士傾註了全身心研究，然而，意外正在悄悄地逼近她。某天，西條博士的女兒(西條凪)，親眼看到母親被一個變身為異形怪物的男子殘忍殺害。這個男子是一個名叫山岡一的日本人(後來的石堀光彥)，西條博士的大弟子。但是，來訪者預言讓他陷入恐怖與黑暗，最後被異生獸因子附身。那個因子包含了黑色巨人黑暗紮基的基因。
由於特殊部隊及時趕來，變為怪物的山岡一逃走了，凪得救了。但是，關於怪物的真實身份他們並不清楚。包含黑暗紮基基因的異生獸因子依附於山岡(石堀)，為了達到某個目的，他利用未來會繼承光的凪，抹去自己的記憶，並留下覺醒的鑰匙，那就是對異生獸的強烈憎恨。他確信，總有一天，這份憎恨會喚醒沈睡在自己內心中的黑暗。
普羅米修斯計劃制作一年
終於誕生了數名預知者兒童。他們被命名為普羅米修斯之子。雖然一直被監視著，即使年齡已臨近當年通話來訪者的少年，還是沒有發現人們所期待的「完全超能力」。但是，有一個日本少年感受到了異生獸的存在，並將其描繪成畫傳達給了管理人。這位少年就是吉良澤優(預知者)。吉良澤的出現，基本證實了海本等超能力者傳達的資訊。吉良澤優預知到2004年，藍色的發光體會到達日本。千樹憐也在這個計劃中誕生了。但是憐的遺傳因子發生了意料之外的缺陷。這造成了他以後的殘酷命運。
奈克斯特劇場版時間到了
藍色發光體飛向地球，與海上自衛隊有動一尉同化，成為一只邪惡怪物（異生獸），代號為「the one」。一個月後，紅色發光體像緊追藍色發光體而來一樣，與正在駕駛F15戰鬥機的日本航空自衛隊飛行員發生遭遇，發光體與真木二等空尉同化，成為光之巨人被稱作柯曼。在新宿的最終決戰中，柯曼打敗了「one」。發光體與真木分離後，作為能源體留在地球上。之後，和姬矢等人同化與異生獸展開了戰鬥。
異生獸始祖one帶給地球的恐怖處理後續
這一事件給美國政府帶來了極大的沖擊。正如吉良澤優所預知的那樣，異生獸的出現，給日本帶來了巨大災害。這種災害與威脅是科羅拉多事件無法比擬的。另一方面，懷疑派因這次事件而沈默了。之後所有的決定權都被來訪者支持派掌握。事件發生一個月後，地球解放機構――TLT成為世界性針對異生獸的特務機關，並秘密地在世界各國設立了分部。接著來訪者們使用了特殊能力做了一件事：隱瞞「THE ONE」事件。來訪者們把巨大的異生獸抑制機器「忘川」的幻像(虛像)投在世界各國的上空，伴隨著眩目的光芒，從人們的腦中抹去了「THE ONE」事件的記憶。就這樣，「THE ONE」和「柯曼」的存在被完全隱瞞。之後這個事件被捏造為「新宿大災害」，重新被人們所熟知。
來訪者消除記憶的目的性？
他們在母星即將滅亡之際，發現了真相。異生獸捕食人類，其實是為了獲得人們的恐懼心。所以異生獸以恐怖的姿態實體化，讓捕食物件產生強烈的恐懼心理。恐懼心又會催生更多的異生獸。來訪者擔心「THE ONE」事件會成為為導火索，讓已經潛伏在地球各個角落的異生獸因子大量實體化。因此關於「THE ONE」的記憶都被消除了。與此同時，有關柯曼的記憶也從人們記憶中消失了。但是，這種行為只不過是暫時的。在不久的將來，出現大量異生獸。受「THE ONE」襲來的影響，世界各地，特別在日本的異生獸因子活性化大大增強了。
在來訪者的星球上，柯曼也無法完全消滅異生獸，超武器計劃也失敗了。（也就是用紮基消滅異生獸打算）。就沒有把地球從滅亡中拯救出來的手段了嗎？
但是，來訪者偶然得到了第三個選擇。在「THE ONE」事件中被消除的恐懼，其實是被收容在巨大機器中作為量子資訊體被固定化了。來訪者也沒預測到，一種未知因子被發現了，那就是異生獸因子抗體。如來訪者所料，消除記憶數日後，集聚的恐怖情緒數據在忘川內產生新的異生獸因子。意料之外的是，還產生了一種新的未知因子，在這些未知因子的作用下異生獸因子的活性降低了。
最後未知因子和異生獸因子一起消失了，再也沒有被發現。沒有人知道其中的具體原因。如果能弄清那個系統，就有可能研制出出消滅異生獸因子的抗體，地球也將免於淪陷。想到這裏，來訪者對TLT上層下達了新的指示。
繼續跟進消滅異生獸的計劃
為了保護消除「新宿大災害」記憶的忘川，TLT在關東地區的山間部，建造了秘密基地――自由堡。同時，為了應對異生獸的出現，組建了配備精良武器的特殊要擊隊夜襲隊，還有消除目擊異生獸記憶的MP(記憶警察)。他們的任務是保護人類不受異生獸的威脅，此外有一個目的，那就是利用積蓄在忘川內的接觸過異生獸的人類記億，研制出因子(異生獸因子抗體)。因為「THE ONE」事件，在忘川聚集了龐大的數據（恐懼心），這樣很難弄清因子發生的機制。需要細分化、差異率較低的數據才能研制出抗體。
來訪者透過忘川，在全球範圍內展開了名為「潛力屏障」這一特殊屏障的建設。但是，無論是防護罩，還是忘川都是有極限的，忘川的恐怖記憶進一步提高了異生獸的出現率。吉良澤作為忘川區域的CIC，得到了屏障及實驗數據的管理權，接著又得到了夜襲隊的作戰指揮權。處於幽閉狀態的吉良澤，也懷著一顆守護人類未來的赤誠之心。他想證明自己被人類創造出來是有意義的，同時也想證明這個實驗是成功的。即使付犧牲也要防止受害區域的擴大，這就是吉良澤的理念。但是這裏有一個問題，就是屏障的限制時間。每天降落的異生獸因子會對屏障產生影響，不久屏障就會被破壞，這個期限大約為5年。在那之前必須要研制出抗體。如果屏障在抗體研制出來前破裂，異生獸就會大量出現，世界將會淪陷。
時任內閣情報調查室次長助理的松永要一郎，接到密令成為了TLT-J的管理官。雖然此時他並未得到過多的情報，僅僅知道來訪者的存在而已。他同意參加實驗，與吉良澤一樣，下定決心為人類的未來獻身。
光芒傳承紅色青年
孤門進隊的那天，銀色巨人(柯曼)終於出現了。巨人和姬矢準同化後覺醒，吉良澤知道這件事後，開始收集數據。分析振動波得知，銀色巨人就是以前與真木同化的柯曼，而且確認他變得更強了。另一點也得到了證實，巨人的光在人們之間傳遞，從而使戰鬥能力得到提升。松永得知了這個事實，他對容忍人類受害，持續隱瞞事實的實驗方式產生了疑問。(對來訪者也有些許不信任。)不知不覺松永變得認為，只要能完全控制巨人，人類就能避免滅亡。因此他私自對姬矢和溝呂木進行研究，對憐也進行了監視。但吉良澤認為只要透過實驗完成了抗體的研制，就不需要柯曼了。與此同時，有一個男人正在悄悄地實施著完全不同的計劃，誰也沒有註意到。山岡不僅殺害了凪的父母，還修改了所有知道自己的人的全部記憶，並且奪走石掘的戶籍資訊，成為了夜襲隊的一員。他欺騙著TLT所有人，等待著某個時刻的到來――吸收柯曼的光之能量，作為黑暗紮基覺醒。為了達到那個目的，石堀利用異生獸和呂木，瘋狂促進柯曼的前進演化。當光被他所預知的適能者(凪)繼承時，使其精神被憤怒和恐怖支配。接下來把柯曼的光能轉化為負能量吸收，再次作為黑暗紮基覺醒，最終打倒柯曼。紮基不能忍受自己是根據柯曼的數據制作出來的「仿制品」。他一直覺得自己才是終極存在，獨一無二的柯曼。紮基不關心地球淪陷與否，只執著於自己的前進演化。如石堀所料，憐完成了柯曼的使命後，凪繼承了柯曼的光茫。
紮基的覺醒
終於石崛揭露了自己的真面目，開槍擊倒了詩織，激發了凪的仇恨心理，他就是未知之手――黑暗紮基。凪追上石崛。石堀將殺害凪母親的記憶在其腦海中復原。凪很快失去理智，被憤怒情感操縱的她變身為柯曼。但在操縱忘川的石堀面前，她陷入了絕境，光被轉換為負能量經由忘川被吸收後，黑暗紮基覺醒了。和倉隊長看見新宿出現的紮基，獨自一人拼上性命迎戰。但是敵我實力懸殊，在黑暗面前和倉的攻擊沒有任何效果。幾乎失去了所有光的柯曼(凪)，也將迎來窮途末路。
這時，一心想要救出副隊長的孤門，跳入了吞噬柯曼的忘川。雖然他的力量微乎其微，但其勇氣在關鍵時刻喚回了凪的意識。在忘卻之海忘川中，孤門的意識與少年時代溺水時的意識同步了。
「不要放棄」，孤門的聲音喚醒了凪，成功奪回了柯曼的光輝。凪努力抓住孤門的手，光之紐帶得以連線。
諾亞降臨
孤門從凪那裏繼承了光芒，終於變身為柯曼。
因為黑暗紮基出現一度失去希望的人們，因為柯曼的現身而重拾希望。
紮基還是很高興。只有打倒了最強的柯曼，自己才是最強的存在，而且還能得到再次前進演化。
終於，銀色巨人和黑色巨人的最終決戰開始了。在這場激戰中，孤門的腦海中傳來了姬矢、憐的寄語。孤門從幼年形態變身為紅色青年形態，隨後變身為藍色青年形態，與黑暗紮基展開激戰。
新宿的人們目睹了這場激戰。他們終於想起了「柯曼與THE ONE的決戰」記憶，還有柯曼的存在。身受市民的聲援之後，孤門變身為奈克瑟斯柯曼最終形態「諾亞柯曼」。諾亞擁有強大的力量，用鐵拳將黑暗紮基擊入宇宙空間。兩人分別在地球和宇宙進行了光線對決，最後諾亞打敗了黑暗紮基，取得了最終勝利。被黑暗紮基利用的忘川，受到了無法修復的傷害而引發大爆炸。忘川徹底被開放了。失去效果的潛在屏障給人類帶來更大的恐懼心理，異生獸的存在無法及時隱瞞了。
孤門並不擔心。孤門作為諾亞戰鬥的時候，清楚地感覺到了。諾亞之所以可以戰勝黑暗紮基，是因為民眾的聲援，會產生源源不斷的力量。
人們的勇氣與希望――就是柯曼的最大力量之源。只有敢於正視現實，異生獸才能得到徹底的根除，這才是拯救地球的唯一手段。所以，再也不能消除人們的記憶了，紐帶不能被斷絕。選擇超越恐懼，而不是消除恐懼。這不正是柯曼的意誌嗎？這不正是柯曼寄予人類的希望嗎？人類一定可以做到。孤門相信人類的可能性。並且堅信那份紐帶。
紮基被打敗後的故事
與異生獸的戰鬥還在持續著，但是這次與異生獸的戰鬥是全民性的。異生獸的存在在世間被公開，人類接受了恐懼，並決心為守護未來而戰鬥。
作為公共防衛機關的地球解放機構TLT得以保留，當然還有夜襲隊。
在新宿副市中心出現異生獸的報道中，夜襲隊員趕往現場。在那裏，看到了和倉、凪、詩織，還有孤門的身影。
鉻金切斯特組成戰機編隊，縱橫馳騁於天空。地面上，姬矢和憐的身影也……
成功從異生獸手中解救出少年的孤門。孤門凝視著少年的眼睛說道：
「不要放棄！」
