近日，我院 林果所国家葡萄产业技术体系天津综合试验站 与 生物所农业基因组学团队 合作在JCR 1区期刊【horticulturae】（影响因子3.1）在线发表了题为「NGS-Based Multi-Allelic InDel Genotyping and Fingerprinting Facilitate Genetic Discrimination in Grapevine ( Vitis vinifera L.)」的研究论文。该论文首次揭示了基于二代高通量测序技术的多等位InDel分子标记在葡萄指纹图谱构建中的应用。
葡萄是经济价值较高的果树，然而由于缺乏高效的分子标记，导致葡萄品种真实性鉴定与品种区分相对困难，严重影响了葡萄新品种保护及育种单位的知识产权，进而影响葡萄产业的健康发展。InDel标记是基于品种间短序列插入或缺失开发的分子标记，具有高度多态性、遗传保守、易检测等优点，在品种鉴定中具有巨大应用价值。然而由于葡萄基因组测序研究起步较晚，葡萄中基于InDel尤其是多等位InDel的分子标记的指纹图谱尚未见报道。该研究基于499份葡萄公共基因组重测序数据，建立了一套高效的多等位InDel分子标记开发与筛选流程，通过严格过滤与实验验证，最终获得了11个具有高度多态性的InDel分子标记位点。为了实现InDel的高效鉴定，该研究创新性地使用了二代高通量测序技术，在122份葡萄品系中对11个InDel标记进行了鉴定。通过与琼脂糖凝胶电泳结果进行比较，证明了高通量测序手段相比于电泳检测具有更高的灵敏度与品种区分能力。葡萄多等位InDel指纹图谱的构建为葡萄品种区分提供了重要工具，为加速葡萄分子育种进程提供了技术支撑。该研究中建立的InDel分子标记开发与鉴定方法也为其他物种提供了重要参考。
我院与南开大学联培硕士研究生 贾贵瑛 、我院林果所副研究员 张娜 为该论文的第一作者。我院林果所副研究员 黄建全 与生物所助理研究员 吕明杰 为该论文的通讯作者。该研究得到国家葡萄产业技术体系、天津市自然科学基金、天津市农业科学院青年科技创新基金等项目的支持。
