西藏墨脱县被喜马拉雅山，冈底斯山和，横断山脉所围绕，具有独特的地形、气候、植被等自然地理特征。
墨脱自然保护区最为典型，位于西藏林芝市墨脱县境内的米什米山脉北部，主要保护对象为山地森林垂直景观及珍稀动植物。
墨脱，藏语是「花」的意思。墨脱自然保护区有以下几个特征：
一、面积较大，同时是世界热带森林分布最北的保护区。
墨脱自然保护区面积为62620公顷，即626.2k㎡。位于北纬29度°26—29°39'，东经 95°05'-95°27'，在墨脱县中部，南迦巴瓦峰东坡，为综合性保护区。是我国、也是世界热带森林分布最北的一块宝地，保存了完整的山地热带生态系统及大量的生物种源。
二、稀有动植物极为丰富，堪称「天然博物馆」。
由于保护区在40km的水平距离内，囊括了热带至寒带的各种植被类型和森林景观，具有特殊而重要的保护价值，也是开展生态学、植物学、气候学、林学研究的优良场所。
保护区内有高等植物3000余种，被列为国家重点保护的17种。该区地形奇异，山深林密，气候复杂，食源丰富，为多种野生动物栖息繁衍的乐园。被列为国家保护的珍禽异兽40多种。
三、地形破碎，岭谷相间，相对高差 6000m 以上，为典型的高山峡谷区。
墨脱地处雅鲁藏布江大拐弯的峡谷之中，自然保护区在米什米山脉北部，江水切穿高耸的喜马拉雅山及其支脉，向南流去。
保护区海拔高度变化大，从750米延伸到海拔7000余米。保护区内河流深切，形成巨大的v型谷；峡谷深邃，山高入云，一些大山与地面七八十度的交角，有些则近乎垂直。瀑布众多，景色优美。
四、峡谷热水条件差异极大，呈现热带至寒带的各种气候类型和完整的垂直带谱。具体如下：
800-1100m为低山热带雨林，林中富含珍贵的用材树种和丰富的特产品——淀粉、油脂、纤维以及特种经济林木，如砂仁、藏药「哥鲁布」、五眼果、三台花等珍贵药材。
1100-2400m为山地亚热常绿阔叶林，有楠木、樟木、红椿、穗花杉、百日青、海南粗榧等珍贵用材树种和多种油脂、药用植物等。
2400-3800m为山地温带针阔混交林和亚高山寒温带暗针叶林，树种组成单纯，优势种明显。林下盛产天麻、人参、三七、七叶一枝花、当归等药材。
3800m以上为高山灌丛草甸和高山荒漠带。
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