说明，该系列强调了奈克瑟斯从前传到TV剧情结束的整理
故事的开端
最初，地球防卫队后台观测到M80天蝎座球状星团发生了超新星爆炸。与此同时，美国情报处沙漠中发现了神秘发光体坠落。赶赴现场的美军，发现了几个能量不稳定的生命体，随之将其捕获。美军把这种不知道什么生命体带到了科罗拉多州的秘密基地，并将其幽禁在特殊空间内。美国政府试图与「他们」接触，却因语言不通以失败告终。「他们」在地球环境中无法实体化，只能通过心灵感应进行交流。「他们」用微弱的心灵感应警告人类，有一种「异生兽」可怕怪物即将出现。不久，FBI及CIA将众多人才秘密地汇集到军事研究所。这些人才被称为超能力者。（其实就是来访者）
美国政府得知这个事件，封锁了周边区域，并对小型异生兽代号the one展开了捕杀行动。美军把the one捕杀后采集了它的细胞。军中将此次行动进行了彻底的信息保密，同时美国政府召集了全世界的顶尖科学家，开始进行关于异生兽的调查研究。FBI及CIA秘密召集的超能力者中，发现一位能力出色的日本少年。就这样这位年仅10岁的少年海本隼人被任命为通信员，在他的努力下终于成功实现了与来访者的交流。
和来访者的出场交涉
据少年转述，所谓的「他们」是非敌人的智慧生命体，首先表明了自己没有任何敌意。接着，来访者还说了一些令人难以置信的事情。来访者就是引起超新星爆炸的该恒星系居民。从毁灭的母星逃了出来，化为光量子体来到了地球。（爆炸中丢了实体和迪迦奥特曼作为光之生命体一样，来访者也需要实体媒介才可以实体。）来访者，提出可以向美军提供超前科技。但前提是，这些科技不能用于解决人类纠纷，只能用于「对付毁灭世界的异生兽」。来访者在科罗拉多州研究所与少年的交流中，透露了许多情报。
神秘的银色巨人
他们的星球位于M80天蝎座，蓝色发光体的突然降临，预示着灭亡危机的到来。那道光与他们星球上的各种生物同化成为异生兽。这些异生兽只懂得捕食，袭击了大量无辜居民。恐怖开始在蔓延整个星球，一时人心惶惶。随着恐怖的蔓延，异生兽的数量不断上升。
就在这颗星球即将灭亡之际，一道红光从宇宙降临大地。那道光与这颗星球上的居民同化，成为银色巨人。面对络绎不绝的异生兽军团，人们前仆后继成为了光之巨人。（也就是说M80.也有类似人类的存在）经历了无数次激烈战斗后，终于击退了异生兽，他们也因受伤而长眠。
关于银色巨人，来访者也不知道其真实身份。传说这位巨人，是比宇宙更广阔的存在。在广阔的宇宙中，存在守护行星未来的超人。他就是传说中的奥特曼。
黑暗扎基诞生的始末！
看似恢复和平的星球。随着时间的流逝，人们心中对异生兽的恐惧却没有消失。为了对抗可能再次出现的异生兽，他们开始了超武器的开发，参考光之巨人的样子制作出了对付异生兽的最终兵武器。名为乌尔帝诺伊德「扎基」。
果然，异生兽再度出现，扎基击退了接连不断的异生兽群。但不久，扎基开始暴走，自我意识觉醒。为了这颗星球的未来，为了打倒不断增殖进化的异生兽，为了防止陷入邪恶的黑暗破坏神扎基的威胁，来访者最终选择亲手爆破母星。这就是M80天蝎座球状星团发生超新星爆炸的真相。这件历史性事件，被光量子领域记录了下来。现在，他们终于到达地球。来访者说，即使做出了这么大的牺牲，还是无法抵御威胁。他们预言，异生兽会接连出现，然后扎基降临，最后把地球毁灭。
黑暗扎基和光之巨人受到超新星爆炸的冲击超越了时空，来到另一个宇宙世界实体化了。另一个宇宙的怪兽们和光的巨人们因此也被卷入到激烈的战斗中。也就是奈克瑟斯梦之战的开端。面对这个预言，政府内部分裂为相信派与怀疑派，两派展开了激烈的争论。相信派，为了防止异生兽毁灭地球，成立了专门的研究组织，并与联合国展开合作，秘密组建了地球解放机构TLT。另外，为了创造出更加完美的预知者，某个实验开始了。这个实验就是，利用优秀超能力者的遗传基因，克隆更加优秀孩子也就是普罗米修斯·项目。TLT根据顶尖科学家们进行的异生兽调查研究，明确了异生兽的真实身份。研究结果与来访者带来的信息一致，异生兽是作为基因飞来的异生兽因子，可以依附地球上的生命进行实体化。最可怕的是，异生兽不属于任何生态系统，只为捕食和驱逐其他生命而存在。正如字面那样，它就是『异生兽』。
失去实体后的扎基布局
为了防止地球生物被异生兽因子侵害，解读异生兽因子的工作迫在眉睫。西条波博士倾注了全身心研究，然而，意外正在悄悄地逼近她。某天，西条博士的女儿(西条凪)，亲眼看到母亲被一个变身为异形怪物的男子残忍杀害。这个男子是一个名叫山冈一的日本人(后来的石堀光彦)，西条博士的大弟子。但是，来访者预言让他陷入恐怖与黑暗，最后被异生兽因子附身。那个因子包含了黑色巨人黑暗扎基的基因。
由于特殊部队及时赶来，变为怪物的山冈一逃走了，凪得救了。但是，关于怪物的真实身份他们并不清楚。包含黑暗扎基基因的异生兽因子依附于山冈(石堀)，为了达到某个目的，他利用未来会继承光的凪，抹去自己的记忆，并留下觉醒的钥匙，那就是对异生兽的强烈憎恨。他确信，总有一天，这份憎恨会唤醒沉睡在自己内心中的黑暗。
普罗米修斯计划制作一年
终于诞生了数名预知者儿童。他们被命名为普罗米修斯之子。虽然一直被监视着，即使年龄已临近当年通话来访者的少年，还是没有发现人们所期待的「完全超能力」。但是，有一个日本少年感受到了异生兽的存在，并将其描绘成画传达给了管理人。这位少年就是吉良泽优(预知者)。吉良泽的出现，基本证实了海本等超能力者传达的信息。吉良泽优预知到2004年，蓝色的发光体会到达日本。千树怜也在这个计划中诞生了。但是怜的遗传因子发生了意料之外的缺陷。这造成了他以后的残酷命运。
奈克斯特剧场版时间到了
蓝色发光体飞向地球，与海上自卫队有动一尉同化，成为一只邪恶怪物（异生兽），代号为「the one」。一个月后，红色发光体像紧追蓝色发光体而来一样，与正在驾驶F15战斗机的日本航空自卫队飞行员发生遭遇，发光体与真木二等空尉同化，成为光之巨人被称作奥特曼。在新宿的最终决战中，奥特曼打败了「one」。发光体与真木分离后，作为能源体留在地球上。之后，和姬矢等人同化与异生兽展开了战斗。
异生兽始祖one带给地球的恐怖处理后续
这一事件给美国政府带来了极大的冲击。正如吉良泽优所预知的那样，异生兽的出现，给日本带来了巨大灾害。这种灾害与威胁是科罗拉多事件无法比拟的。另一方面，怀疑派因这次事件而沉默了。之后所有的决定权都被来访者支持派掌握。事件发生一个月后，地球解放机构――TLT成为世界性针对异生兽的特务机关，并秘密地在世界各国设立了分部。接着来访者们使用了特殊能力做了一件事：隐瞒「THE ONE」事件。来访者们把巨大的异生兽抑制机器「忘川」的幻像(虚像)投在世界各国的上空，伴随着眩目的光芒，从人们的脑中抹去了「THE ONE」事件的记忆。就这样，「THE ONE」和「奥特曼」的存在被完全隐瞒。之后这个事件被捏造为「新宿大灾害」，重新被人们所熟知。
来访者消除记忆的目的性？
他们在母星即将灭亡之际，发现了真相。异生兽捕食人类，其实是为了获得人们的恐惧心。所以异生兽以恐怖的姿态实体化，让捕食对象产生强烈的恐惧心理。恐惧心又会催生更多的异生兽。来访者担心「THE ONE」事件会成为为导火索，让已经潜伏在地球各个角落的异生兽因子大量实体化。因此关于「THE ONE」的记忆都被消除了。与此同时，有关奥特曼的记忆也从人们记忆中消失了。但是，这种行为只不过是暂时的。在不久的将来，出现大量异生兽。受「THE ONE」袭来的影响，世界各地，特别在日本的异生兽因子活性化大大增强了。
在来访者的星球上，奥特曼也无法完全消灭异生兽，超武器计划也失败了。（也就是用扎基消灭异生兽打算）。就没有把地球从灭亡中拯救出来的手段了吗？
但是，来访者偶然得到了第三个选择。在「THE ONE」事件中被消除的恐惧，其实是被收容在巨大机器中作为量子信息体被固定化了。来访者也没预测到，一种未知因子被发现了，那就是异生兽因子抗体。如来访者所料，消除记忆数日后，集聚的恐怖情绪数据在忘川内产生新的异生兽因子。意料之外的是，还产生了一种新的未知因子，在这些未知因子的作用下异生兽因子的活性降低了。
最后未知因子和异生兽因子一起消失了，再也没有被发现。没有人知道其中的具体原因。如果能弄清那个系统，就有可能研制出出消灭异生兽因子的抗体，地球也将免于毁灭。想到这里，来访者对TLT上层下达了新的指示。
继续跟进消灭异生兽的计划
为了保护消除「新宿大灾害」记忆的忘川，TLT在关东地区的山间部，建造了秘密基地――自由堡。同时，为了应对异生兽的出现，组建了配备精良武器的特殊要击队夜袭队，还有消除目击异生兽记忆的MP(记忆警察)。他们的任务是保护人类不受异生兽的威胁，此外有一个目的，那就是利用积蓄在忘川内的接触过异生兽的人类记亿，研制出因子(异生兽因子抗体)。因为「THE ONE」事件，在忘川聚集了庞大的数据（恐惧心），这样很难弄清因子发生的机制。需要细分化、差异率较低的数据才能研制出抗体。
来访者通过忘川，在全球范围内展开了名为「潜力屏障」这一特殊屏障的建设。但是，无论是防护罩，还是忘川都是有极限的，忘川的恐怖记忆进一步提高了异生兽的出现率。吉良泽作为忘川区域的CIC，得到了屏障及实验数据的管理权，接着又得到了夜袭队的作战指挥权。处于幽闭状态的吉良泽，也怀着一颗守护人类未来的赤诚之心。他想证明自己被人类创造出来是有意义的，同时也想证明这个实验是成功的。即使付牺牲也要防止受害区域的扩大，这就是吉良泽的理念。但是这里有一个问题，就是屏障的限制时间。每天降落的异生兽因子会对屏障产生影响，不久屏障就会被破坏，这个期限大约为5年。在那之前必须要研制出抗体。如果屏障在抗体研制出来前破裂，异生兽就会大量出现，世界将会毁灭。
时任内阁情报调查室次长助理的松永要一郎，接到密令成为了TLT-J的管理官。虽然此时他并未得到过多的情报，仅仅知道来访者的存在而已。他同意参加实验，与吉良泽一样，下定决心为人类的未来献身。
光芒传承红色青年
孤门进队的那天，银色巨人(奥特曼)终于出现了。巨人和姬矢准同化后觉醒，吉良泽知道这件事后，开始收集数据。分析振动波得知，银色巨人就是以前与真木同化的奥特曼，而且确认他变得更强了。另一点也得到了证实，巨人的光在人们之间传递，从而使战斗能力得到提升。松永得知了这个事实，他对容忍人类受害，持续隐瞒事实的实验方式产生了疑问。(对来访者也有些许不信任。)不知不觉松永变得认为，只要能完全控制巨人，人类就能避免灭亡。因此他私自对姬矢和沟吕木进行研究，对怜也进行了监视。但吉良泽认为只要通过实验完成了抗体的研制，就不需要奥特曼了。与此同时，有一个男人正在悄悄地实施着完全不同的计划，谁也没有注意到。山冈不仅杀害了凪的父母，还修改了所有知道自己的人的全部记忆，并且夺走石掘的户籍信息，成为了夜袭队的一员。他欺骗着TLT所有人，等待着某个时刻的到来――吸收奥特曼的光之能量，作为黑暗扎基觉醒。为了达到那个目的，石堀利用异生兽和吕木，疯狂促进奥特曼的进化。当光被他所预知的适能者(凪)继承时，使其精神被愤怒和恐怖支配。接下来把奥特曼的光能转化为负能量吸收，再次作为黑暗扎基觉醒，最终打倒奥特曼。扎基不能忍受自己是根据奥特曼的数据制作出来的「仿制品」。他一直觉得自己才是终极存在，独一无二的奥特曼。扎基不关心地球毁灭与否，只执着于自己的进化。如石堀所料，怜完成了奥特曼的使命后，凪继承了奥特曼的光茫。
扎基的觉醒
终于石崛揭露了自己的真面目，开枪击倒了诗织，激发了凪的仇恨心理，他就是未知之手――黑暗扎基。凪追上石崛。石堀将杀害凪母亲的记忆在其脑海中复原。凪很快失去理智，被愤怒情感操纵的她变身为奥特曼。但在操纵忘川的石堀面前，她陷入了绝境，光被转换为负能量经由忘川被吸收后，黑暗扎基觉醒了。和仓队长看见新宿出现的扎基，独自一人拼上性命迎战。但是敌我实力悬殊，在黑暗面前和仓的攻击没有任何效果。几乎失去了所有光的奥特曼(凪)，也将迎来穷途末路。
这时，一心想要救出副队长的孤门，跳入了吞噬奥特曼的忘川。虽然他的力量微乎其微，但其勇气在关键时刻唤回了凪的意识。在忘却之海忘川中，孤门的意识与少年时代溺水时的意识同步了。
「不要放弃」，孤门的声音唤醒了凪，成功夺回了奥特曼的光辉。凪努力抓住孤门的手，光之纽带得以连接。
诺亚降临
孤门从凪那里继承了光芒，终于变身为奥特曼。
因为黑暗扎基出现一度失去希望的人们，因为奥特曼的现身而重拾希望。
扎基还是很高兴。只有打倒了最强的奥特曼，自己才是最强的存在，而且还能得到再次进化。
终于，银色巨人和黑色巨人的最终决战开始了。在这场激战中，孤门的脑海中传来了姬矢、怜的寄语。孤门从幼年形态变身为红色青年形态，随后变身为蓝色青年形态，与黑暗扎基展开激战。
新宿的人们目睹了这场激战。他们终于想起了「奥特曼与THE ONE的决战」记忆，还有奥特曼的存在。身受市民的声援之后，孤门变身为奈克瑟斯奥特曼最终形态「诺亚奥特曼」。诺亚拥有强大的力量，用铁拳将黑暗扎基击入宇宙空间。两人分别在地球和宇宙进行了光线对决，最后诺亚打败了黑暗扎基，取得了最终胜利。被黑暗扎基利用的忘川，受到了无法修复的伤害而引发大爆炸。忘川彻底被开放了。失去效果的潜在屏障给人类带来更大的恐惧心理，异生兽的存在无法及时隐瞒了。
孤门并不担心。孤门作为诺亚战斗的时候，清楚地感觉到了。诺亚之所以可以战胜黑暗扎基，是因为民众的声援，会产生源源不断的力量。
人们的勇气与希望――就是奥特曼的最大力量之源。只有敢于正视现实，异生兽才能得到彻底的根除，这才是拯救地球的唯一手段。所以，再也不能消除人们的记忆了，纽带不能被断绝。选择超越恐惧，而不是消除恐惧。这不正是奥特曼的意志吗？这不正是奥特曼寄予人类的希望吗？人类一定可以做到。孤门相信人类的可能性。并且坚信那份纽带。
扎基被打败后的故事
与异生兽的战斗还在持续着，但是这次与异生兽的战斗是全民性的。异生兽的存在在世间被公开，人类接受了恐惧，并决心为守护未来而战斗。
作为公共防卫机关的地球解放机构TLT得以保留，当然还有夜袭队。
在新宿副市中心出现异生兽的报道中，夜袭队员赶往现场。在那里，看到了和仓、凪、诗织，还有孤门的身影。
铬金切斯特组成战机编队，纵横驰骋于天空。地面上，姬矢和怜的身影也……
成功从异生兽手中解救出少年的孤门。孤门凝视着少年的眼睛说道：
「不要放弃！」
